سگ ماهی آنگورا، Oxynoemacheilus angorae ، از ماهیان آب شیرین و بومی ایران می¬باشد. در تحقیق حاضر به ¬منظور بررسی ساختار جمعیتی سگ ماهی آنگورا در رودخانه¬های قشلاق (کردستان)، سفید برگ و گاماسیاب (کرمانشاه)، از شش نشانگر ریزماهواره استفاده شد که همگی پلی مورفیسم نشان دادند. متوسط تعداد الل¬ و هتروزایگوسیتی مشاهده شده به ¬ترتیب 33/14 و 82/0 به دست آمد که حاکی از غنای اللی و تنوع ژنتیکی مناسب این گونه در مناطق مورد بررسی می¬باشد. در بررسی انحراف از تعادل هاردی- وینبرگ، ۱۰ مورد از 18 تست مورد بررسی (سه جمعیت در شش جایگاه ژنی)، انحراف معنی دار پس از اعمال ضریب تصحیح بونفرونی نشان دادند. در این راستا، در برخی جایگاه¬های مورد مطالعه کسری هتروزایگوسیتی معنی داری مشاهده شد. در بررسی شاخص¬های Fst (03۳/0) و Rst (04/0)، تمایز ژنتیکی پایینی بین نمونه¬های مناطق مورد بررسی مشاهده شد. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی نیز نشان داد که بالاترین میزان تنوع مشاهده شده مربوط به درون جمعیت¬ها می¬باشد. همچنین بالاترین میزان فاصله ژنتیکی بین مناطق سپید برگ و گاماسیاب مشاهده شد. نتایج حاصل از دندروگرام UPGMA و مقادیر فاصله ژنتیکی نیز نشان داد که احتمالاً جمعیت¬های جدایی از سگ ماهی آنگورا در مناطق مورد بررسی وجود دارد.