ماهی کپور معمولی یکی از گونه‌های مهم اقتصادی دریای خزر است. هدف از این مطالعه بررسی تنوع و تمایز ژنتیکی ماهی کپور معمولی در مصب گرگانرود، سواحل رامسر، تالاب انزلی و رودخانه سد ارس با استفاده از پرایمرهای ریزماهواره بود. در مجموع 100 نمونه ماهی بالغ از مناطق نمونه برداری جمع آوری شد. از هفت جفت پرایمر ریزماهواره، بر روی DNA ژنومی ماهی کپور استفاده گردید که فقط 5 جفت از آنها (MFW6، MFW7، MFW9، SyP4 و Ca3/4) چند شکلی (پلی مورف) نشان دادند و از آنها برای تعیین تنوع ژنتیکی کپور معمولی استفاده شد. میانگین اللی آنها در جایگاه‌ها 7/7 (دامنه Na ، 2 تا 12 الل در جایگاه‌ها) بود. همه مناطق نمونه‌برداری اللهای اختصاصی نشان دادند. میانگین هتروزیگوسیتی قابل انتظار و هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب 790/0 و 863/0 محاسبه شد. در بررسی تعادل هاردی وینبرگ (H-W) بیشتر جایگاه ها خارج از تعادل بودند. میانگین ضریب خویشاوندی (FIS)، جریان ژنی (Nm) و شاخص تمایز (FST) بر اساس فراوانی اللی به ترتیب 104/0-، 9/2 و 099/0 به دست آمد. بر اساس تست AMOVA میزان FST و RST بین مناطق معنی‌دار بود. بررسی حاضر، تنوع و تمایز ژنتیکی جمعیت‌های ماهی کپور معمولی در مناطق نمونه برداری را نشان می‌دهد.