کنترل زیستی با استفاده از باکتری‌های دریایی بخشی از روش‌های مدیریت تلفیقی پدیده شکوفایی جلبکی مضر می‌باشد. هدف از مطالعه حاضر بررسی فراوانی و تنوع باکتری‌ها در مناطق ساحلی دارای سابقه مواجهه با این پدیده در استان هرمزگان و بررسی فعالیت آن‌ها در مقابل میکروجلبک Cochlodinium polykrikoides به‌عنوان عامل اصلی کشند قرمز بود. فراوانی فصلی باکتری‌ها در نمونه‌های آب و رسوبات جمع‌آوری‌شده از 10 ایستگاه در مناطق ساحلی جزیره هرمز، بندرعباس و بندرلنگه نشان داد باکتری‌ها در فصل بهار و در ایستگاه‌های 1St، 6St و 10St بیشترین فراوانی را داشتد. 10 خانواده از باکتری‌ها غالباً متعلق به خانواده‌های Vibrionaceae، Entrobacteriaceae و Pseudomonadaceae با فراوانی به ترتیب 29، 14 و 12 درصد در رسوبات شناسایی شدند. از 6 خانواده شناسایی‌شده در نمونه‌های آب، خانواده‌های Entrobacteriaceae و Vibrionaceae هرکدام 23 درصد جدایه‌ها را تشکیل دادند. 33/13 درصد باکتری‌های جداشده از رسوبات و 09/9 درصد از باکتری‌های جداشده از آب، توانایی حذف کامل سلول‌های جلبکی را داشتند. میزان LC50 متابولیت‌های استخراج‌شده از این باکتری‌ها در محدوده غلظت µg/ml 14/3±28/90 تا 94/45±1029 بود. این مطالعه ضمن ایجاد چشم‌اندازی از فراوانی و تنوع باکتری‌ها در مناطق مورد بررسی، 8 جدایه باکتری جلبک‌کش را جهت انجام مطالعات تکمیلی کنترل شکوفایی جلبکی مضر معرفی نمود.