بر اساس مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و طبق تصمیم هیئت تحریریه مجله بوم‌شناسی آبزیان، برای مقالاتی که فرایند داوری را طی کرده‌اند، بعد از تأیید فایل نهایی، هزینه انتشار مقاله از نویسنده مسئول دریافت می‌شود. این مبلغ برای مقالات مروری و پژوهشی سه میلیون ریال (معادل سیصد هزار تومان) و برای مقالات کوتاه دو میلیون ریال (معادل دویست هزار تومان) می‌باشد.